Построение и апробация биоинформатического пайплайна для определения клональных профилей при миелодиспластическом синдроме
Ключевые слова:
миелодиспластический синдром, биоинформатический пайплайн, клональный профиль, первичная мутация, субклон, таргетное секвенирование, NGS, секвенирование нового поколенияАннотация
Введение: результаты последних научных исследований показывают более очевидной связь между клональным профилем опухоли и его клиническим значением. Однако в настоящее время отсутствует доступный в клинической практике и надежный метод для клонального профилирования. Миелодиспластический синдром представляет собой сложную клональную патологию гемопоэтической стволовой клетки, характеризующуюся морфологической дисплазией, цитопенией и высоким риском трансформации в острый миелоидный лейкоз. Клинический исход миелодиспластического синдрома может быть чрезвычайно гетерогенным, поэтому для выяснения истинного состояния гемопоэтической системы и дальнейшего прогноза больных с такими сложными нарушениями необходимо специфическое изучение клональных профилей. Цель исследования: разработка пайплайна, предназначенного для определения клональных профилей пациентов с миелодиспластическим синдромом на основе данных таргетного секвенирования следующего поколения. Результаты: пайплайн был разработан и апробирован на выборке из 35 пациентов с миелодиспластическим синдромом преимущественно высокого риска. Показана возможность использовать данные таргетного секвенирования для оценки гетерогенности клональных профилей и характеристики их генных свойств. Данный подход позволит идентифицировать соответствие между типом индивидуального профиля и прогнозом заболевания, влиять на выбор терапии. Продемонстрированы характеристики полученных клональных профилей и описан процесс их анализа. Практическая значимость: информация о выявленных закономерностях и взаимосвязи между характеристиками клонального профиля (количеством субклонов, частотой мутаций на клон) и клиническим исходом может быть использована врачами в современной практике для более точного подбора терапии в зависимости от выявленной индивидуальной специфичности заболевания.
